Tyrosinase

L'acide kojique est l'inhibiteur de référence de la tyrosinase (PDB 2Y9X), l'enzyme à cuivre qui gouverne la synthèse de la mélanine et une cible de choix des agents dépigmentants et anti-brunissement. Des polyphénols de plantes comme l'arbutine et la quercétine sont aussi largement rapportés comme inhibiteurs de la tyrosinase. Cette note est une re-exécution méthodologique, non la reproduction d'un chiffre publié précis : on docke ces trois composés connus dans la poche catalytique et on demande si un protocole de docking standard les classe conformément à leur activité établie.

Les trois ligands ont été dockés dans le site actif dicuivre de 2Y9X avec AutoDock Vina (boîte de 20 A centrée sur les résidus catalytiques détectés, exhaustivité 64, trois seeds aléatoires), re-scorés par le réseau convolutif GNINA, profilés pour les interactions (PLIP) et la drug-likeness (Lipinski, Veber, QED), puis passés dans le module ML/DTI pour un pIC50 prédit. Un score de consensus agrégé (ADS) combine ces signaux. Aucun contrôle de self-docking n'était disponible pour ce run : la géométrie des poses est donc donnée à titre indicatif, non validée.

Les scores Vina bruts sont proches et modestes (environ -5,5 à -6,1 kcal/mol), comme attendu pour de petits phénols dans une poche métallique peu profonde ; à la seule énergie de liaison, l'arbutine (-6,1) devancerait la référence. Une fois les signaux combinés, l'acide kojique de référence remonte en tête (consensus 44 contre 27 à 32 ; pIC50 prédit 4,97 contre 3,7 à 4,1), porté par sa forte efficacité de liaison malgré sa petite taille. Les trois passent Lipinski et Veber.

Classer des candidats sur un seul score de docking brut n'est pas fiable, surtout quand ils diffèrent en taille : une petite référence efficace peut sembler plus faible en énergie de liaison absolue tout en étant la plus active. Le consensus, l'efficacité de liaison et une estimation ML orthogonale rétablissent l'ordre attendu. L'absence de contrôle self-docking est une vraie lacune de reporting : la géométrie des poses doit être vérifiée avant toute affirmation structurale ferme. Une réserve sur l'estimation ML : le modèle est entraîné sur les données d'activité de ChEMBL et a pu déjà voir ces couples composé-cible très connus ; le pIC50 prédit doit donc se lire comme un contrôle de cohérence, non comme une prédiction indépendante et sans fuite.